昆阳大战以后，刘縯和刘秀名声越来越大。有人劝更始帝把刘縯除掉。更始帝借口刘縯违抗命令，把刘縯杀了。

刘秀一听到他哥哥被杀，自己知道力量敌不过更始帝，就马上赶到宛城（今河南南阳市），向更始帝赔不是。有人问起他昆阳大战的情形，他也一点不居功，说全是将士们的功劳。他也不敢给他哥哥戴孝，照常吃饭饮酒，有说有笑，一点也不流露出他忧伤的心情。

更始帝以为刘秀不记他的仇，反倒有点过意不去，拜刘秀为破虏大将军，但是毕竟不敢重用。之后，长安攻下来了，王莽也给杀了。更始帝到了洛阳，才给刘秀少数兵马，让他到河北去招抚河北郡县。

这时候，各地的豪壮大族有了武器，有的自称将军，有的自称为王，也有自称天子的，各据一方。更始帝派刘秀到河北去，正好让刘秀得到一个扩大势力的机会。他废除王莽时期的一些苛刻法令，释放一些囚犯，一面消灭了一些割据势力，一面镇压河北各路农民起义师。整个河北差不多全给刘秀占领了。

公元25年，刘秀和他的随从官员认为时机成熟，在鄗（音ｈàｏ今河北柏乡县北）自立为天子，这就是汉光武帝。

更始帝先建都洛阳，之后又迁到长安。他到了长安以后，认为自己的江山已经坐定，开始腐败起来。他滥封官爵，自己不管政事，成天在皇宫里饮酒作乐，还纵容他手下的兵士抢劫。原来一些绿林军将领，对他十分不满。

赤眉军的头领樊崇眼看更始帝不行了，就率领二十万人进攻长安。更始帝派兵抵抗，接连打了几个败仗，急得他不知怎样才好。绿林军中有些将领劝更始帝离开长安，反而遭到更始帝的猜疑、杀害；另有一些起义将领投奔了赤眉军。更始帝内部一乱，赤眉军就顺利地打进了函谷关。

赤眉军决定推翻更始帝，但是樊崇他们不能摆脱汉朝旧贵族正统看法的影响，定要找个姓刘的做天子。事先赤眉军姓刘的一共有七十多个，其中有个十五岁的放牛娃刘盆子，据说跟西汉皇族的血统最近，就硬把刘盆子立为天子。

赤眉军打进长安，更始帝逃到城外，樊崇派使者限令更始帝在二十天内投降。更始帝没法，只好带着玉玺向赤眉投降。

赤眉军进了长安，声势浩大。可是几十万将士的口粮发生了困难。富人和地主趁机屯积粮食，长安天天有人饿死。这样一来，长安的杂乱局面就没法收拾了。

樊崇带着军队离开长安向西流亡。但是别的地方的粮食也一样困难；到了天水（郡名，在今甘肃）一带，又遭到那里的地主豪强的拦击。樊崇只好又带着大军往东边来。

汉光武帝趁着赤眉军进长安的时候，占领了洛阳。他们一听到赤眉军向东转移，就带领二十万大军分两路埋伏在那里。

汉光武帝派大将冯异到华阴，把赤眉兵引向东边来。冯异用计把一队赤眉军包围在崤山下。他下了战书，跟赤眉军约定时间和地点决战。忠实的樊崇不知道敌人的计策，派了一万多赤眉军发动进攻。冯异先派出少数兵士对敌。赤眉军看见汉兵人少，就全军出击。没想到冯异的伏兵上来了，打扮得和赤眉军一模一样，双方混战在一路，分不出谁是赤眉兵，谁是汉兵。

赤眉军正在为难的时候，打扮成赤眉军的汉兵高声叫嚷着“投降！”“投降！”赤眉军兵士一看有那么多人喊投降，没了念头。军心一乱，这一支赤眉军就被缴了武器。

公元27年1月，樊崇带着剩下的赤眉军向宜阳（今河南宜阳县）方向转移。冯异灵敏派人报告汉光武帝。汉光武帝亲自率领预先布置好的两路人马截击，把赤眉军围困起来。到了这步田地，樊崇只好派人向汉光武帝求和。

汉光武帝把刘盆子他们带回洛阳，给他们田地房屋，让他们留在洛阳。但是不到几个月，就加上谋反的罪名，把樊崇杀害。